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基因编辑特异性检测

检测项目

脱靶效应检测:

  • 脱靶位点扫描:脱靶突变频率(<0.1%)、脱靶序列同源性(≥85%,参照ISO20395:2019)
  • 全基因组分析:脱靶事件数量(≤5个/细胞)、侧翼序列偏差(<5bp)
靶向效率检测:
  • 编辑效率测定:INDEL频率(≥90%)、HDR效率(≥30%)
  • 位点特异性:靶位点覆盖率(≥99.9%)、双链断裂精度(±1bp)
序列分析:
  • NGS测序:序列错误率(<0.01%)、插入缺失长度(1-20bp)
  • Sanger验证:碱基匹配度(≥99.5%)、异质性指数(≤0.05)
细胞毒性评估:
  • 细胞活力检测:存活率(≥95%)、凋亡率(≤5%)
  • 代谢活性:MTT吸光度(≥0.8OD)、增殖抑制(≤10%)
功能性验证:
  • 表型修复率:功能性表达水平(≥80%)、表型逆转阈值(≥75%)
  • 蛋白表达:WesternBlot强度(≥2倍变化)、翻译效率(≥90%)
核酸纯度检测:
  • DNA/RNA完整性:RIN值(≥8.0)、OD260/280比值(1.8±0.1)
  • 污染物筛查:内毒素水平(<0.1EU/µg)、核酸酶残留(<0.01%)
编辑位点验证:
  • PCR扩增:扩增效率(90-110%)、特异性条带(≤1非特异带)
  • 限制性酶切:切割效率(≥95%)、片段大小误差(±5bp)
高通量筛查:
  • 单细胞测序:细胞覆盖率(≥99%)、变异检出限(0.1%)
  • 阵列杂交:信号强度(≥1000RFU)、交叉反应率(≤0.5%)
稳定性测试:
  • 遗传稳定性:传代变异率(≤0.1%/代)、编辑持久性(≥90天)
  • 储存耐受:-80°C稳定性(≥1年)、反复冻融次数(≤3次)
生物信息学分析:
  • 序列比对:匹配度阈值(≥98%)、gap罚分(≤5)
  • 变异调用:falsediscoveryrate(<0.05)、灵敏度(≥99%)

检测范围

1.哺乳动物细胞系:涵盖HEK293、HeLa等常用细胞,重点检测靶向效率和细胞毒性影响。

2.植物基因组:水稻、玉米等作物组织,侧重脱靶效应和遗传稳定性验证。

3.动物模型组织:小鼠、斑马鱼等样本,核心检测编辑位点准确性和功能性修复率。

4.微生物基因组:大肠杆菌、酵母等菌株,强调序列特异性和高通量筛查精度。

5.临床样本:血液、组织活检等人体材料,重点检测INDEL频率和生物安全性参数。

6.合成DNA模板:gRNA、载体构建物等,侧重结合特异性和纯度指标。

7.基因编辑试剂:Cas9蛋白、核糖核蛋白复合物,核心检测活性稳定性和脱靶风险。

8.细胞培养上清:培养基、分泌物等,强调污染物残留和核酸完整性。

9.组织切片:冰冻或石蜡包埋样本,重点检测原位编辑效率和表型一致性。

10.转基因产品:基因修饰种子、生物制剂,侧重全基因组分析和法规合规性验证。

检测方法

国际标准:

  • ISO20395:2019Biotechnology—Requirementsforevaluatingtheperformanceofnucleicaciddetectionmethods
  • ISO10993-5:2009Biologicalevaluationofmedicaldevices—Testsforinvitrocytotoxicity
  • ISO17025:2017Generalrequirementsforthecompetenceoftestingandcalibrationlaboratories
国家标准:
  • GB/T34796-2017核酸定量检测方法通则
  • GB/T37871-2019生物样本中基因编辑检测技术规范
  • GB/T19495.2-2004转基因植物及其产品检测第2部分:核酸提取与纯化
国际标准侧重高通量测序和全球互认,而国家标准强调成本效益和本地化应用,例如GB方法使用较低通量PCR替代部分NGS步骤。

检测设备

1.实时荧光定量PCR仪:QuantStudio6Flex(温度精度±0.1°C,检测通道6个)

2.下一代测序仪:NovaSeq6000(通量20Breads/run,错误率<0.1%)

3.电泳系统:Bioanalyzer2100(分辨率1-10000bp,灵敏度0.1ng/µl)

4.倒置显微镜:IX83(放大倍数40-1000×,成像分辨率0.2µm)

5.流式细胞仪:BDFACSAriaIII(检测速率10000cells/s,荧光通道18个)

6.离心机:AllegraX-15R(转速15000rpm,温度控制±1°C)

7.分光光度计:NanoDropOne(波长范围190-850nm,样品量0.5-2µl)

8.恒温培养箱:Heracell150i(温度范围5-50°C,CO2控制±0.1%)

9.酶标仪:SpectraMaxi3x(吸光度范围0-4OD,检测速度<5s/孔)

10.生物安全柜:ClassIIA2(气流速度0.38m/s,HEPA过滤效率99.99%)

11.核酸提取仪:KingFisherFlex(吞吐量96样本/run,回收率≥95%)

12.冷冻干燥机:FreeZone6(冷冻温度-50°C,真空度<100mTorr)

13.微阵列扫描仪:GenePix4000B(分辨率5µm,动态范围>105)

14.细胞计数器:CountessIIFL(计数精度±2%,荧光检测通道3个)

15.生物反应器:BioFlo320(容量2L,pH控制±0.05)

北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

基因编辑特异性检测
其他检测

中析研究所可进行各种检测分析服务,包括不限于:标准试验,非标检测,分析测试,认证设计,产品验收,质量内控,矢量分析,内部控制,司法鉴定等。可出具合法合规、具有公信力的第三方检测报告。