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单细胞测序肿瘤转移研究适用性验证脊髓穿刺样本

检测项目

样品制备:

  • 细胞分离效率:细胞捕获率(≥80%)、细胞活性(>85%,参照ISO20391-2)
  • 核酸提取质量:RNA完整性数(RIN≥7.0)、DNA浓度(≥0.5ng/μL)
测序文库构建:
  • 文库浓度:目标片段大小(200-500bp)、文库产量(≥10nM)
  • 接头连接效率:适配体匹配率(>95%)
高通量测序:
  • 测序深度:平均读数覆盖度(≥50,000x)、目标区域覆盖(>95%)
  • 碱基质量:Q30分数(≥85%)
基因表达分析:
  • 差异表达基因:倍数变化(FC≥2)、显著性(p<0.05)
  • 表达矩阵构建:基因计数阈值(≥5UMI/细胞)
突变检测:
  • 单核苷酸变异:变异等位基因频率(VAF≥0.1%)、突变类型分类
  • 拷贝数变异:拷贝数变化幅度(log2ratio±0.25)
克隆演变评估:
  • 克隆丰度计算:克隆占比(>1%细胞群)、发育树构建
  • 转移相关性:克隆迁移指数(CMI≥0.5)
转移标志物检测:
  • 上皮-间质转化评分:EMT指数(0-1范围)、核心基因表达水平
  • 转移相关通路激活:信号通路富集分析(FDR<0.1)
细胞亚群鉴定:
  • 聚类分析:t-SNE降维参数、亚群分辨率(分辨率值0.8)
  • 细胞类型注释:marker基因特异性(logFC>1)
数据质量控制:
  • 批次效应校正:主成分分析(PC≥3)、变异系数(CV<10%)
  • 灵敏度验证:稀有细胞检出率(>0.01%频率)
  • 统计分析:
    • 生存关联分析:风险比(HR≥1.5)、置信区间(95%CI)
    • 多组学整合:相关性系数(r>0.7)

    检测范围

    1.肺癌脊髓转移样本:涵盖非小细胞肺癌和小细胞肺癌类型,重点检测EGFR突变状态和脑脊液肿瘤细胞浸润程度

    2.乳腺癌脊髓转移样本:包括三阴性和激素受体阳性亚型,侧重HER2表达水平和转移相关基因富集

    3.结直肠癌脊髓转移样本:涉及KRAS/BRAF突变谱系,检测微卫星不稳定性和克隆扩散模式

    4.前列腺癌脊髓转移样本:针对雄激素受体变异,重点评估PSA水平关联和神经侵袭特征

    5.黑色素瘤脊髓转移样本:涵盖BRAF突变型,检测免疫检查点表达和转移微环境变化

    6.胶质瘤脊髓播散样本:包括IDH突变状态,侧重肿瘤干细胞标志物和侵袭路径分析

    7.多发性骨髓瘤脊髓浸润样本:涉及免疫球蛋白重排,检测浆细胞比例和克隆性增殖

    8.淋巴瘤脊髓转移样本:覆盖霍奇金和非霍奇金亚型,重点评估CD20表达和细胞周期标志

    9.胰腺癌脊髓转移样本:针对KRAS/G12D突变,检测基质交互作用和转移潜能评分

    10.卵巢癌脊髓转移样本:包括BRCA突变携带者,侧重腹水细胞组分和化疗响应关联

    检测方法

    国际标准:

    • ISO20391-2:2018细胞计数性能评估方法
    • ENISO15189:2022医学实验室质量和能力要求
    • ISO/IEC17025:2017测试和校准实验室能力通用要求
    • ISO5725-2:2019测量方法与结果的准确度(正确度与精密度)
    国家标准:
    • GB/T37864-2019生物样本库质量和能力通用要求
    • GB/T30988-2014高通量测序数据分析规范
    • GB/T35823-2018单细胞RNA测序技术指南
    • GB/T37837-2019肿瘤分子标志物检测指南
    (方法差异说明:ISO标准侧重全局质量控制流程,GB标准更细化测序参数设置;例如GB/T35823-2018对UMI计数要求更严格,而ISO20391-2聚焦细胞活性评估指标)

    检测设备

    1.流式细胞分选仪:BDFACSMelody(分选速度15,000事件/秒,纯度>98%)

    2.高通量测序仪:IlluminaNovaSeq6000(通量20Breads/run,错误率<0.1%)

    3.单细胞捕获系统:10xGenomicsChromium(捕获效率>65%,细胞通量10,000/芯片)

    4.核酸提取仪:QIAGENQIAcube(提取量5-1000μL,回收率>90%)

    5.实时定量PCR仪:AppliedBiosystemsQuantStudio7(动态范围10^8,分辨率0.1°C)

    6.生物分析仪:Agilent2100Bioanalyzer(RNA/DNA片段分析,灵敏度0.1ng/μL)

    7.显微镜系统:OlympusIX83(放大倍数1000x,分辨率0.2μm)

    8.离心机:Eppendorf5430R(转速30,000rpm,温度控制±1°C)

    9.恒温培养箱:ThermoScientificHeracell(温度范围4-50°C,CO2控制±0.1%)

    10.生物信息学服务器:DellPowerEdgeR750(CPU64核,内存512GB,存储100TB)

    11.冷冻存储设备:ThermoScientificForma(温度-80°C,稳定性±2°C)

    12.电泳系统:Bio-RadChemiDoc(检测限1pgDNA,波长范围300-700nm)

    13.微孔板阅读器:TecanSpark(吸光度范围0-4OD,精度±1%)

    14.液氮存储罐:Taylor-WhartonCX100(容量100L,温度-196°C)

    15.振动切片机:LeicaVT1200S(切片厚度5-100μm,精度±1μm)

    北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

    报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

    检测周期:7~15工作日,可加急。

    资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

    标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

    非标测试:支持定制化试验方案。

    售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

    单细胞测序肿瘤转移研究适用性验证脊髓穿刺样本
    其他检测

    中析研究所可进行各种检测分析服务,包括不限于:标准试验,非标检测,分析测试,认证设计,产品验收,质量内控,矢量分析,内部控制,司法鉴定等。可出具合法合规、具有公信力的第三方检测报告。